我國地圖組織發展歷史淵遠流長，早在民國前9年（西元1903年）即已建制地圖測繪機關（清光緒兵部練兵處軍令司測繪科），歷經遞嬗，對國家各項政經建設及國土安全都有很重大貢獻。

民國七十年代，我國許多學者專家鑒於歐、美、日等各國製圖科技日新月異，研究風氣極盛，乃肇因於該等國家均設有國家地圖學會，藉學會之組織，彼此觀摩研討互相交流，始有今日之成就。因此，在民國77年7月1日國內地圖及地理學界菁英以促進地圖相關之學術研究及推廣應用，並提昇我國地圖水準為宗旨，並由吳信政先生發起邀集成立「中華民國地圖學會」，向內政部社會司提出申請，並由石再添先生擔任主委接續舉行發起人及籌備會議（計二次）；

民國77年12月18日於臺北國立臺灣師範大學召開成立大會，並選舉第一屆理監事，另於民國78年1月28日召開第一屆第一次理監事聯席會議中，推舉張芝生先生為第一屆理事長。

張理事長隨後並榮膺第二屆理事長，任內創「地圖」期刊（1990年5月起），提供地圖界資訊交流與研究之新天地，並於1992年在中央圖書館辦理第一屆「地圖學術研討會」；應國立編譯館聘任主持編審「測繪學辭典」。

第三、四屆由沈燮民先生擔任理事長（1993–1997），任內致力於內政部委託之各鄉鎮市行政區域圖編印工作。

第五、六屆由石慶得先生擔任理事長（1997–2001），任內於地圖學術研討會中開辦「地圖展」活動；協助完成「測繪學辭典」編審印行。

第七、八屆由林譽方先生擔任理事長（2001–2005），任內於2003年籌辦海峽兩岸測繪學名詞對照第一次研討會暨編審委員會議、創立學會網頁、邀請大陸中央及省級測繪領導人士來訪，開啟兩岸交流之門。

第九、十屆由曾正雄先生擔任理事長（2005–2009），任內於2008年與華藝數位有限公司簽訂電子出版合約完成期刊數位化上網，提供會員免費上網閱讀；協助完成「海峽兩岸測繪學名詞」彙編印行。

第十一、十二屆由丁亞中先生擔任理事長（2009–2013），任內申請學會網址、更新「地圖」期刊編排格式，並改為每年兩期發刊、開辦地圖比賽；同時於每年研討會中舉辦地圖研習營活動，推廣地圖新概念。國際會務上，於2011年在法國爭取到加入國際地圖學會（ICA）成為附屬會員（Affiliate Member）的機會，並於2013年出席在德國舉辦之國際地圖學會研討會。

第十三、十四屆由高慶珍女士擔任理事長（2013–2017），任內於學會網頁上成立「每月一圖」導讀服務，停止「地圖」期刊紙本印製，改以一年一期的電子期刊形式出版、承接內政部「地圖審查制度」委託案，並於2015年在巴西舉辦之國際年會期間第一次代表國家攜圖參展，並獲邀成為地圖數位襲產委員會（Cartographic Heritage into the Digital Commission）的委員，為台灣首位代表。2016年學會成為國際科學理事會（ICSA）中中華民國委員會的一員。2017年執行內政部「優良地圖評選」工作案，並將獲選作品攜至美國華盛頓DC在國際地圖研討會上設攤展出，贏取國際友誼。